Sistem penjaminan mutu di Universitas PGRI Jombang sudah dilaksanakan sejak tahun 2007, ketika perguruan tinggi ini masih berbentuk sekolah tinggi (STKIP PGRI Jombang). Pembentukan struktur penjaminan mutu ditandai dengan diterbitkannya SK Ketua STKIP PGRI Jombang Nomor: 12/7.088/KL/2007/SK tertanggal 29 Juni 2007 yang ditandatangi oleh Ketua STKIP PGRI Jombang, Dr. Siyono, M.Pd. Awal mula berdirinya, Struktur Penjaminan Mutu STKIP PGRI Jombang terdiri dari Kepala Lembaga Penjaminan Mutu (Dr. Agus Prianto, M.Pd), Kepala Bagian Perencanaan dan Pengembangan (Dr. Agus Prianto, M.Pd), Kepala Bagian Audit Mutu Internal (Dra. Heny Sulistyowati, M.Hum), dan Kepala Bagian Administrasi dan Perlengkapan (Wiwin Sri Hidayati, S.Pd M.Pd). Pada19 Nopember 2008 Kepala Penjaminan Mutu dijabat oleh Dra. Agung Kesna Mahatmaharti, M.Kes. Pada saat yang sama Lembaga Penjaminan Mutu STKIP PGRI Jombang didukung oleh beberapa staf Pusat Jaminan Mutu dan Audit Internal, yaitu: Achmad Badrun Kurnia, S.Pd. M.Sc.; Wahyu Indra Bayu, S.Pd M.Pd; Chalimah, S.Pd M.Pd; dan Nahlia Rahmawati, S.Si M.Si. Mulai tahun 2012, Kepala Lembaga Penjaminan Mutu dijabat oleh Drs. Suminto, M.Pd, dan sejak tahun 2016-2024 Kepala Lembaga Penjaminan Mutu dijabat oleh Dr. Wiwin Sri Hidayati, M.Pd. Mulai tahun 2024, Kepala Lembaga Penjaminan Mutu dijabat oleh Prof. Dr. Agus Prianto, M.Pd. Pada tahun 2023 terjadi perubahan bentuk dari STKIP PGRI Jombang menjadi Universitas PGRI Jombang, sehingga lembaga penjaminan mutu berubah nama menjadi Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) Universitas PGRI Jombang. Sejak awal berdirinya hingga saat ini, LPM Universitas PGRI Jombang terus mengawal pelaksanaan penjaminan mutu dan mendukung UPPS melaksanakan kegiatan akreditasi sebagai bentuk audit mutu eksternal.