Sistem penjaminan mutu di Universitas PGRI Jombang sudah dilaksanakan sejak tahun 2007, ketika perguruan tinggi ini masih berbentuk sekolah tinggi (STKIP PGRI Jombang). Pembentukan struktur penjaminan mutu ditandai dengan diterbitkannya SK Ketua STKIP PGRI Jombang Nomor: 12/7.088/KL/2007/SK tertanggal 29 Juni 2007 yang ditandatangi oleh Ketua STKIP PGRI Jombang, Dr. Siyono, M.Pd. Awal mula berdirinya, Struktur Penjaminan Mutu STKIP PGRI Jombang terdiri dari Kepala Lembaga Penjaminan Mutu (Dr. Agus Prianto, M.Pd), Kepala Bagian Perencanaan dan Pengembangan (Dr. Agus Prianto, M.Pd), Kepala Bagian Audit Mutu Internal (Dra. Heny Sulistyowati, M.Hum), dan Kepala Bagian Administrasi dan Perlengkapan (Wiwin Sri Hidayati, S.Pd M.Pd).